عیب بزرگ استقلال
هرچند شفر از زمانی که با استقلال قرارداد امضا کرده است شرایط این تیم را به طور کلی تغییر داده و این تیم در بازی های مهمی پیروز شده است اما او همیشه با این انتقاد روبرو است که تیمش بعد از زدن گل اول عقب می کشد.
وینفرد شفر در پاسخ به این انتقادها می گوید: در خیلی از بازی ها به این ترتیب نبوده که ما عقب نشینی کنیم. ما برابر العین یک مقدار عقب نشینی داشتیم اما برابر الهلال این اتفاق رخ نداد و در برابر الریان نیز حریف نیمه دوم یک موقعیت داشت. در بازی با پرسپولیس این اتفاق رخ داد زیرا حریف بازی مستقیم انجام داد. ما باید در ضد حمله، پاس های آخر را بهتر ارسال کنیم. برای فردا همه می دانند که باید چه کاری در زمین مسابقه انجام دهند.